第一，Linux是开放源代码的，不在存黑箱技术，遍布全球的众多Linux爱好者都是Linux开发者的强大技术支持者;而Windows CE是非开放性OS，使第三方很难实现产品定制。
第二，Linux的源代码随处可得，注释丰富，文档齐全，易于解决各种问题。
第三，Linux的内核小、效率高;而Windows CE在这方面是笨拙的，占用过多的RAM，应用程序庞大。
第四，Linux是开放源代码的OS，在价格上极具竞争力，适合中国国情。Windows CE的版权费用是厂家不得不考虑的因素。
第五，Linux不仅支持x86芯片，还是一个跨平台的系统。到目前为止，它可以支持20～30种CPU，很多CPU(包括家电业的芯片)厂商都开始做Linux的平台移植工作，而且移植的速度远远超过Java的开发环境。如果今天采用Linux环境开发产品，那么将来更换CPU时就不会遇到更换平台的困扰。
第六，Linux内核的结构在网络方面是非常完整的，它提供了对包括十兆位、百兆位及千兆位的以太网络，还有无线网络、Token ring(令牌环)和光纤甚至卫星的支持。
第七，Linux在内核结构的设计中考虑适应系统的可裁减性的要求，Windows CE在内核结构的设计中并未考虑适应系统的高度可裁减性的要求。

第一，是开发难度较高，需要很高的技术实力;
第二，是核心调试工具不全，调试不太方便，尚没有很好的用户图形界面;
第三，与某些商业OS一样，嵌入式Linux占用较大的内存，当然，人们可以去掉部分无用的功能来减小使用的内存，但是如果不仔细，将引起新的问题;
第四，有些Linux的应用程序需要虚拟内存，而嵌入式系统中并没有或不需要虚拟内存，所以并非所有的Linux应用程序都可以在嵌入式系统中运行。

3Com公司的Palm OS是掌上电脑市场中较为优秀的嵌入式操作系统，是针对这一市场专门设计的系统。它有开放的操作系统应用程序接口(API)，支持开发商根据需要自行开发所需的应用程序，具有十分丰富的应用程序。在掌上电脑市场上独占其霸主地位已久。
从技术层面上讲，Palm OS是一套专门为掌上电脑开发的操作系统，具有许多Windows CE无法比拟的优势;Windows CE过于臃肿，不适合应用在廉价的掌上电脑中。
Palm OS是一套具有极强开放性的系统。开发者向用户免费提供Palm OS的开发工具，允许用户利用该工具在Palm OS基础上方便地编写、修改相关软件。与之相比，Windows CE的开发工具就显得复杂多了，这使得一般用户很难掌握。这也Palm OS与Windows CE的另一个主要区别。
Palm OS、Windows CE、Linux这三种嵌入式操作系统各有不同的特点，不同的用途;但Linux比Palm OS和Windows CE更小、更稳定，而且Linux是开放的OS，在价格上极具竞争力。