年度汇算清缴时针对企业所得税的，你公司的企业所得税在哪个税务局缴纳汇算同样就在哪个税务局申报，不是说哪个税务局要做或者哪个税务局不做。年度汇算清缴主要是对整个年度的企业所得税进行清算，一般情况下关注以下问题：
1、会计和税收差异。包括税收上的限额扣除（如业务招待费），计提的一些费用（如坏账准备），符合税收规定但达不到会计规定的一些收入，固定资产年限等。
2、税收上有特殊规定的一些项目，比如不征税收入的管理是否到达税收上的要求，比如资产损失的确认是否到税务机关进行备案等等。
3、应该确认收入而未确认的收入，例如一些预收账款或者往来款项。
4、费用扣除的一些规范问题。比如票据是否合规等。如果企业不大，你可以根据企业年度汇算清缴申报表来跟着做，按照上面的要求来填写。如果企业比较大，建议找专业机构进行审核。

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